La naturopatia che viene insegnata dalle scuole ENSA non va confusa con la medicina naturopatica, della quale si forniscono informazioni in questa sede, la quale è una forma di medicina allopatica che fa uso di rimedi e cure dolci e naturali ed è di esclusiva competenza medica, anche se praticata abitualmente da moltissimi “medici naturopati” abusivi, la quale si riferisce a un intero sistema di assistenza sanitaria olistica che utilizza numerose terapie naturali al fine di curare patologie.

Un medico naturopata valuta le condizioni dei pazienti prima di prescrivere quello che ritengono essere il trattamento appropriato. Il medico può utilizzare metodi di guarigione naturali come l' omeopatia, l' agopuntura o la fitoterapia, nonché consigli nutrizionali e vari tipi di terapia fisica, tra le altre cose.
Utilizzando una serie di metodi alternativi per la diagnosi, un medico naturopata può spesso individuare con successo una predisposizione nel corpo, prima dell'inizio della malattia acuta, e trattare il paziente con terapie specifiche e cambiamenti nello stile di vita.
Il programma di trattamento può includere consigli su dieta, stile di vita, esercizio fisico, fitoterapia, trattamenti omeopatici o altri rimedi adatti. Un naturopata può anche indirizzare il paziente ad altri professionisti nell'ambito di un approccio sanitario integrato.